Il 21 dicembre 1997 apre il Passante Ferroviario di Milano: la nuova tratta sotterranea collega le stazioni metropolitane di Porta Venezia M1, Repubblica M3, Garibaldi FS M2 e due nuove stazioni, Lancetti e Bovisa, in corrispondenza della stazione delle Ferrovie Nord (unica -per ora- stazione in superficie).

La diramazione Lancetti - Certosa (senza Villapizzone) viene aperta nel 1999.

Nel 2002 il Passante si allunga ad est con la stazione sotterranea di Dateo, situata in corrispondenza dell'omonimo piazzale (prima era prevista in piazza Emilia, col nome di Piceno) e viene aperta la stazione di Villapizzone, tra Lancetti e Certosa.

Il 12 dicembre 2004 viene inaugurata la stazione di Porta Vittoria, nei pressi dell'ex stazione ferroviaria omonima; in questo stesso giorno vengono attivate le linee suburbane e regionali, indicate con S e R: il Passante assume la denominazione di S10.

Il 19 giugno 2006 viene aperta al pubblico la stazione di Romolo FS S9, in corrispondenza con l'omonima fermata M2.

Nell'estate 2008 viene infine attivato il collegamento tra Milano Porta Vittoria e Milano Rogoredo.

Il 12 maggio 2015, in occasione di EXPO2015, apre la stazione Forlanini FS localizzata in corrispondenza dei Tre Ponti di viale Corsica, che serve le linee S5, S6 ed S9.

La stazione costituirà un futuro interscambio con la fermata della linea MM4.